小徐庄遗址是黄淮地区新发现的一处大汶口文化早期偏晚阶段遗址，文化内涵丰富，具有较高的历史价值、科学价值和艺术价值。

小徐庄出土遗物与之相距不远的花厅古文化遗址有着明显的渊源关系，把两处古文化遗址联同一起研究，是探讨苏北、鲁南地区原始文化发展演变规律的极为重要的资料。

小徐庄遗址与邻近的邳州刘林、大墩子遗址的较强的共性，在沂、沭河下游交汇区域属首次发现，所揭示的文化内涵较刘林、大墩子遗址不仅更为丰富，且有着自己的地方特色。

小徐庄遗址出土有一定数量的南方太湖流域崧泽文化因素的器物，反映出早在距今5500余年前，比花厅遗址时代更早的时候，海岱区域和太湖区域的原始文化有了碰撞和交流，再次证实本地处在南北文化交汇的过渡带，为研究两地物质文化交流提供了新的材料。

小徐庄遗址出土玉器数量大、品种多，文化内涵丰富，具有不同地区的原始玉文化特色，是控讨中国古玉文化极为重要的材料。

小徐庄遗址发现建筑用人祭现象，表明原始人的宗教意识，同花厅遗址大墓殉人现象一样，对探讨人类文明发展有重要价值。